根据国家税务总局《关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》(国税发[2005]9号)规定，对于纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税。国税发[2005]9号文件基本规定是：“纳税人取得全年一次性奖金，应单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税”。
年终奖个人所得税计算方式：
1、发放年终奖的当月工资高于5000元时，年终奖扣税方式为：年终奖*税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。
2、当月工资低于5000元时，年终奖个人所得税=(年终奖-(5000-月工资))*税率-速算扣除数，税率是按年终奖-(5000-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。
年终奖怎样合理避税?
第一种是年终奖分开发可少交税。因为年终奖在确定税率时，要先除以12个月。而在一个纳税年度内，对每一个纳税人，这种计税优惠办法只允许使用一次。作为发放年终奖的单位，完全可以通过化整为零进行合理避税。
第二种方法就是员工进行公益捐款。根据《个人所得税法》及《财政部国家税务总局民政部关于公益性捐赠税前扣除有关问题的通知》的规定：个人所得对教育事业和其他公益事业捐赠的部分，未超过纳税人申报应纳税所得额30%的部分，给予税前扣除。计算公式为：税款=应纳税所得×税率-速算扣除数，应纳税所得=工薪收入-法定扣除额-捐款(不超出捐款限额)。
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